Το PROTOS χρησιμοποιεί τεχνολογίες Ανοικτού Λογισμικού σε όλα τα υποσυστήματα του και επίσης το τελικό παραδοτέο του θα συνοδεύεται από το πηγαίο κώδικα. Η κύρια αρχή λειτουργικότητας του στηρίζεται στην συλλογική ευφυία (crowdsourcing intelligence) και βασίζεται στην συλλογή πληροφοριών από τα αναχώματα ασφαλείας (firewalls) από μεγάλο αριθμό χρηστών. Ειδικότερα παρατηρώντας την συνολική αύξηση ή μείωση του ρυθμού επιθέσεων σε ένα αρκετά μεγάλο πλήθος υπολογιστών μπορεί να εκτιμηθεί αν υπάρχει αξιοσημείωτη κακόβουλη δραστηριότητα στο Διαδίκτυο προερχόμενη από κάποιο ιομορφικό λογισμικό που εξαπλώνεται ραγδαία, από κάποιο botnet που δραστηριοποιείται έντονα ή από άλλες παρεμφερείς δικτυακές απειλές.